Joomla posee una gestión de actualizaciones, así que no debería ser necesario actualizar una extensión manualmente.
Recuerda siempre hacer copias de seguridad antes de realizar actualizaciones o cambios drásticos para poder volver atrás en caso necesario o poder comparar con lo anterior.
Pero si has llegado al punto de tener que actualizar a mano una extensión, ya sea porque el autor lo indica o porque sabes muy bien lo que estás haciendo, ten en cuenta también que está la opción de reinstalar la extensión, como si fuese nueva. Esto no debería hacer que se pierdan los datos de la base de datos pero haz pruebas antes por si acaso.
Entonces, ¿cuándo se podría llegar a actualizar una extensión de manera manual?
Pues por ejemplo se me dio el caso con una plantilla. El gestor de actualizaciones de Joomla me decía que había una actualización pero no era capaz de instalarla. Si trataba de reinstalar esta plantilla me decía que ya existía una con el mismo nombre. Así que no encontré otro método, después de leer la documentación del autor, que actualizarla manualmente.
La instalación o actualización de una extensión implica descomprimir los ficheros que vengan en el paquete en sus respectivos directorios. Pero además debemos fijarnos porque puede implicar añadir o hacer cambios en la base de datos.
Si has actualizado manualmente una extensión en Joomla y sigue apareciendo el mensaje de que esa extensión no está actualizada, normalmente es debido a la información guardada en la base de datos sobre esta extensión. Continua leyendo para saber cómo solucionarlo.